民間企業などの弁護士以外が提供する退職代行サービスには、どのようなデメリットがありますか？また利用してトラブルに巻き込まれることはあるのでしょうか？

弁護士以外が提供する退職代行サービスには、民間企業が提供しているものと労働組合が提供しているものがあります。それぞれのデメリットについて解説します。

まず、民間企業が提供する退職代行サービスの主なデメリットとしては、「一切の交渉ができず、退職の意思を伝えることのみ可能」という点が挙げられます。
「退職の意思を伝えてくれるだけで十分なのでは？」と考える方もいらっしゃるでしょうが、会社側が反論してきた場合には、下記のようなトラブルが想定されます。

上記のようなトラブルが発生した場合、民間企業は何も対応できません。
なぜなら、弁護士法という法律によって、弁護士以外が交渉などの法律事務を取り扱うことは原則として違法とされているからです（弁護士法第72条本文）。これに反した場合には罰則もあり、2年以下の懲役または300万円以下の罰金となります（弁護士法第77条第3号）。
利用者まで罪に問われることは原則ありませんが、警察の事情聴取を受けたり、本来の目的である退職ができなかったりする可能性があります。

次に、労働組合が提供する退職代行サービスのデメリットです。労働組合は「団体交渉権があるので、会社と交渉できる」と謳っていますが、当該サービス提供者の実態として、上記の民間企業とほぼ同様な組織にすぎず労働組合としての実質を備えない場合には、団体交渉権は認められず、やはり弁護士法に違反するのではないか、という指摘もあります。

上記のデメリットやトラブルを心配されているなら、弁護士による退職代行サービスの利用をご検討ください。
弁護士であれば、会社に退職の意思を伝えることはもちろん、有給消化の取得交渉や退職日の調整、未払い残業代などの請求や損害賠償請求など、あらゆる法的トラブルへの対応が可能です。
ただし、退職代行サービスにどの範囲の対応が含まれているかは弁護士との委任契約によりますので、自分あった内容の契約を結ぶようにしましょう。